Kampüsteki su kullanımı, çevre dostu politikaların sürdürülmesinin temel bir göstergesidir. Hacettepe Üniversitesi su havzalarının korunması ve su tasarrufuna yönelik olarak toplam 10.000 m3 su tutma kapasiteli, drenaj boruları ile yüzey sularını depolayarak oluşturulan 3 adet yapay gölete sahiptir. Göllere giren su debisi 3 ile 5 L/sn arasında değişmektedir. Bu göller aynı zamanda Beytepe yerleşkesinde farklı balık, ördek ve kuş türlerini barındıran yeşil bir vadi alanı oluşturmaktadır.
Hacettepe Üniversitesi'nde su kirliliği kontrol politikası ve programları tasarlanma aşamasındadır. Yüzey sularının daha etkin bir şekilde toplanarak yapay göllere giriş debilerinin artırılmasına yönelik stratejik plan hazırlanmıştır.